1、申報的知識產(chǎn)權類(lèi)型、獲取時(shí)間不符合要求。

2、申報的專(zhuān)利暫未獲得授權，僅處于受理中。

3、專(zhuān)利僅有授權通知書(shū)，無(wú)繳費單據，無(wú)法證明專(zhuān)利權處于法律保護狀態(tài)。

4、非自有專(zhuān)利未辦理轉讓手續。

5、轉讓的專(zhuān)利無(wú)原專(zhuān)利證書(shū)復印件或國家知識產(chǎn)權局出具的所有權轉讓證明，無(wú)法判斷原專(zhuān)利獲取時(shí)間和所有權人。

1、研發(fā)費用核算不清、輔助賬不完整、不規范或暫未建立。需按《工作指引》相關(guān)要求編制研發(fā)費用輔助賬，歸集研發(fā)費用。

2、研發(fā)費用真實(shí)性存疑，研發(fā)費大于管理費或占比過(guò)高。

3、研發(fā)費歸集不合理，如研發(fā)人員人員年均費用遠低于一般人員水平，直接投入占研發(fā)費總額的比例過(guò)高，不同研發(fā)項目支出金額、結構完全一樣。

4、委托外部研發(fā)的支出全額計入研發(fā)費，未按80%計入研發(fā)費。

5、研發(fā)費用中其他費用占比超過(guò)20%。

6、研發(fā)費用明細表和研發(fā)項目（RD）表不一致。

7、委托外部研發(fā)支出與附件材料產(chǎn)學(xué)研合作協(xié)議所列不一致，如某研發(fā)項目為產(chǎn)學(xué)研合作項目，但該項目研發(fā)結構明細表中無(wú)委托外部研發(fā)支出。

8、研發(fā)項目無(wú)證明材料，項目立項報告千篇一律，臨時(shí)拼湊。

1、高新技術(shù)產(chǎn)品收入核算不清，歸集不規范。如總收入核算不準確，投資收益或營(yíng)業(yè)外收入未計入總收入。

2、高新技術(shù)產(chǎn)品不屬于領(lǐng)域目錄范圍。

3、主要高新技術(shù)產(chǎn)品無(wú)知識產(chǎn)權關(guān)聯(lián)，或相關(guān)知識產(chǎn)權未授權，不在有效期。

1、無(wú)科技成果轉化匯總表，無(wú)法判斷成果項數。

2、科技成果轉化附件材料混亂、裝訂無(wú)序，與成果轉化匯總表中所列不一致。

3、科技成果轉化證明材料單一，僅有轉化效果證明材料，如銷(xiāo)售合同、發(fā)票，樣品圖片等，無(wú)科技成果技術(shù)證明材料。 

1、組織管理水平材料混亂，未針對評價(jià)標準逐項提供。

2、證明材料單一，多數為制度或文件，無(wú)執行情況。如研發(fā)獎勵僅有制度，無(wú)落實(shí)情況。

1、財務(wù)會(huì )計報告不完整，僅提供正文和會(huì )計報表，無(wú)附注。

2、會(huì )計報表中各年度數據不一致，且無(wú)差異情況說(shuō)明。如2015年報表中上年數據與2014年報表中期末數據不一致。

3、會(huì )計報表附注披露的管理費科目明細中無(wú)研發(fā)費用數據，或披露的研發(fā)費用數據與專(zhuān)項審計報告中研發(fā)費用數據不一致，差異較大。

4、含子公司的企業(yè)會(huì )計報表為公司合并報表，含子公司數據。

1、專(zhuān)項審計報告不完整，無(wú)編制說(shuō)明。

2、專(zhuān)項審計報告所附表格不規范，未按規定的樣式列示。如未分年度、分項目列示、所附表格單位為元，按要求應為萬(wàn)元，保留兩位小數。

3、專(zhuān)項審計報告中計算研發(fā)費占比，高新技術(shù)產(chǎn)品收入占比時(shí)，銷(xiāo)售收入、總收入口徑錯誤，銷(xiāo)售收入應為主營(yíng)業(yè)務(wù)收入和其他業(yè)務(wù)收入之和，總收入是收入總額減去不征稅收入。

4、專(zhuān)項審計報告中研發(fā)項目支出與申報材料中所附研發(fā)費輔助明細賬不一致。

5、財務(wù)報表數據、稅務(wù)系統中報稅數據、專(zhuān)項審計報告數據，三者不一致，差異較大。